Eugene Hütz naît en Ukraine et subi un déplacement massif quand la centrale nucléaire de Tchernobyl explose en 1986. Déjà intéressé par la musique punk, Hütz devient ensuite fasciné par la musique gypsy. Il vit ensuite comme réfugié en Pologne, en Hongrie, en Autriche et en Italie avant de s'installer aux États-Unis, en 1993.
Après son arrivée à New York, il commence à travailler avec le guitariste Vlad Solofar, l'accordéoniste Sasha Kazatchkoff, le batteur Eliot Fergusen et le violoniste Sergey Rjabtzev. Celui-ci est un ancien metteur en scène de Moscou qui contribuera à forger la personnalité scénique de la formation.
À ses débuts, le groupe joue de la musique gypsy traditionnelle lors de mariages russes. L'évolution se fait cependant rapidement vers un rock plus explosif. En 1999, Gogol Bordello propose un premier disque, Voi-La Intruder. Après la parution de l'album, Solofar et Kazatchkoff sont remplacés par l'accordéoniste Yuri Lemeshev, qui arrive de Russie, et par les Israéliens Oren Kaplan (guitare) et Ori Kaplan (saxophone) qui, malgré un même nom de famille, ne sont pas apparentés. Quant à Hütz, il contribue à faire connaître la formation en faisant office de DJ.
Le second disque, Multi-Kontra Culti vs. Irony, est lance en 2002. Le groupe signe ensuite un contrat avec l'étiquette indépendant Side One Dummy, qui édite l'album Gypsy Punks: Underdog World Strike, en 2005. La formation se trouve à nouveau modifiée avec le départ d'Ori Kaplan. Le groupe ajoute cependant le bassiste Rea Mochiach et les danseuses et percussionnistes Pam Racine et Elizabeth Sun. En outre, Hütz fait ses débuts au cinéma dans le film Everything Is Illuminated (2005).
Un nouveau changement de bassiste a lieu avec l'arrivée de Tommy Gobena qui participe à l'enregistrement de Super Taranta!, lancé en 2007. Le disque contribue à solidifier la réputation de Gogol Bordello et est encensé par la critique. En 2009, la formation lance Live from Axis Mundi et signe ensuite une entente avec l'étiquette majeure Sony pour l'album suivant, Trans-Continental Hustle, réalisé par Rick Rubin, qui est lancé en 2010.
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