C'est lors d'une rencontre à New York en 1994 que James Di Salvio, alors réalisateur de vidéoclip, Zoe Lee Tant et E.P. Bergen ont jeté les base de Bran Van 3000 en trouvant d'abord le nom du groupe. De retour à Montréal, Bergen enregistre Johnny Go avec Jean Leloup et invite Di Salvio à y participer.
Di Salvio et Bergen participent ensuite aux pièces Ma chambre de Leloup et obtiennent un contrat avec l'étiquette Audiogram. En 1996, alors que l'album est presque terminé, le duo envoie les chansons Drinking in L.A., Couch Surfer et Everywhere au concours de la Canadian Music Week et l'emporte haut la main. Ils sont cependant disqualifiés parce que le groupe ne peut se produire sur scène. C'est alors qu?ils décident de monter une formation.
Le simple Drinking in L.A. est lance au début de 1997 et l'album Glee suit quelques mois plus tard. Le disque est certifié or et remporte le Juno du Meilleur album alternatif en 1998. La même année, l'album paraît sur la scène internationale et BV3000 signe avec Capitol Records.
En 2000, Bergen quitte le groupe le temps de faire un album en solo intitulé Airport Lounge. L'année suivante, BV3000 lance son second effort, Discosis, qui comprend la pièce Astounded sur laquelle on entend le dernier enregistrement du légendaire Curtis Mayfield.
Le groupe tombe au neutre en 2002 et ce n'est qu'en 2006 que la formation se manifeste à nouveau. L'album Rosé est lancé au cours de l'automne 2007. L'année suivante, la formation originale se retrouve lors d'un spectacle au Festival international de jazz de Montréal devant une foule estimée à 180 000 spectateurs. Après une pause, Bran Van 3000 offre son quatrième disque, The Garden, en octobre 2010.
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