Créé par le chanteur de Tool, Maynard James Keenan, et l?ancien technicien des guitares de Tool, Josh Howerdel, A Perfect Circle est ni plus ni moins qu?une extension du groupe qui se perd dans les méandres du métal avec des accents de rock artistique. Bien que similaire à Tool, A Perfect Circle se démarque par une approche moins sombre et plus mélodique à laquelle on ajoute un penchant pour les prestations théâtrales. Il s?agit également d?un laboratoire où l?on hésite pas à expérimenter.
Après la parution d'Aenima en 1996, Tool est au prise avec des problèmes juridiques l?opposant à l?étiquette Freeworld Entertainment. Quand le conflit est résolu deux ans plus tard, les membres du groupe décident de prendre une pause pour recharger leurs batteries. Keenan en profite pour contacter Howerdel et Paz Lenchantin et leur parler d?A Perfect Circle.
Keenan et Howerdel se rencontre en 1992 quand Tool assure la première partie de Fishbone. Howerdel est alors le technicien de Fishbone. Il en profite pour jouer quelques-unes de ses chansons à Keenan qui est impressionné et le duo parle d?une collaboration possible dans le futur. L?occasion ne se présente toutefois pas avant la fin des démêlées entre Tool et Freeworld. Avec Keenan au micro, Howerdel à la guitare et Lenchantin à la basse, le trio recrute l?ex-guitariste de Failure Troy Van Leeuwen de même que l?ancien batteur des Vandals Josh Freese.
Le groupe commence donc à répéter, mais n?annonce pas sa création avant de monter sur scène une première fois, le 15 août 1999 lors d?un concert bénéfice présenté à Los Angeles. Howerdel, qui compose depuis quatre ans en plus de travailler avec les Smashing Pumpkins et Nine Inch Nails devient ainsi le principal compositeur d?A Perfect Circle. Le groupe lance son premier album intitulé Mer de Noms le 23 mai 2000. La formation récidive en 2001 avec le maxi 3 Libras.
Après un processus créatif qui a duré un an et demi, la formation est de retour avec Thirtheenth Step en 2003. A Perfect Circle présente par la même occasion un nouveau visage avec Jeordie White à la basse. White est nul autre que Twiggy Ramirez, l?ancien bassiste de Marilyn Manson. On compte aussi sur James Iha, ancien guitariste des Smashing Pumpkins.
Au cours de l?automne 2004, A Perfect Circle récidive avec l?album eMOTIVe, une collection de reprises et lance également le DVD aMOTION.
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